Muteki, un garçon de nature aimable, emménage à Neo San Francisco, une ville libre et joyeuse en bord de mer. Il y rencontre DJ, un individu se prétendant DJ qui le métamorphose en Muteking, le Héros dansant. Pour sauver la ville de monstres apparus soudainement, Muteki et DJ se battent armés de chants et de danses, sans se douter qu'un danger inconcevable menace l'humanité...