Un jeune garçon découvre un rocher magique qui peut exaucer n'importe quel vœux. Mais la pierre est volée par un tyran de l'école qui l'utilise pour créer un monstre puissant et dangereux. Le seul moyen d'arrêter la bête est de demander l'aide du super-héros Ultraman Gaia. Le garçon fait tout ce qu'il peut pour aider l'équipe XIG, un groupe d'humains courageux qui a un contact direct avec Ultraman Gaia ainsi qu'Ultraman Dyna et Ultraman Tiga.