Ayato et Haruka, élèves dans la même classe, sont deux jeunes amoureux à qui tout semble sourire. Mais l'apparition soudaine de visiteurs venus d'une dimension alternative, les « Mû », les sépare brutalement. Tokyo se retrouve enveloppée d'un dôme d'énergie qui la coupe du monde extérieur. Si Haruka a pu s'enfuir à temps, Ayato est restée à Tokyo. Trois ans plus tard, alors qu'Ayato a presque tout oublié de sa relation avec Haruka, des envahisseurs attaquent à nouveau, plongeant Tokyo dans les affres de la guerre. Errant dans la ville à moitié détruite, Ayato rencontre une femme qui dit s'appeler Haruka Shitow et qui prétend avoir des révélations à lui faire…